مرکز تحقیقات علوم اعصاب با تشکیل یک تیم پژوهشی چندبخشی در سال 1383و در بیمارستان امام خمینی تبریز برداشته شد، افزایش فعالیت های پژوهشی در این تیم، اعضا را بر آن داشت که تیم پژوهشی موجود را به سطح مرکز ارتقا دهند. لذا بعد از تشکیل هیات مؤسس و انجام اقدامات لازم، با صدور موافقت اولیه ی شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی، مرکز پا به عرصه وجود گذاشت و سپس 1386تحقیقات علوم اعصاب در سال با تشکیل شورای پژوهشی، تعیین اعضای شورای سیاست گذاری، و انتخاب و ابلاغ دکتر مهدی فرهودی به عنوان رئیس مرکز، موافقت اصولی مرکز از طرف وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی صادر 1387در سال شد. در نهایت این مرکز با افزایش همکاری با گروه ها و مراکز تحقیقاتی داخلی و خارجی، پذیرش دانشجویان دکترای پژوهشی، و راه اندازی و بهره برداری از مجموعه ی آزمایشگاهی، موفق شد تا موافقت قطعی وزارت کسب نماید. در حال حاضر این مرکز با طیف وسیعی از در انواع گرایش های صنعتی، محاسباتی، علوم پایه، کلینیکی، تشخیصی و بازتوانی همکاری دارد. همچنین این مرکز در راستای توسعه و تعمیق روابط بی المللی خود توانسته است با انجام پروژه های مشترک ارتباط بسیار قدرتمندی با دانشگاه های دیگر کشورها از جمله دانمارک، ایالات متحده، انگلستان و کانادا برقرار نماید که از دستاوردهای آن می توان به انتشار تولیدات علمی مشترک و طراحی پروژه های تحقیقاتی برای دانشجویان Ph.D اشاره کرد.
در حال حاضر این مرکز در زمینه مطالعات پیش بالینی و بالینی فعال بوده و با تأسیس آزمایشگاه های رفتارشناسی حرکتی و شناختی، نوروبیولوژی مولکولی، جراحی حیوانات آزمایشگاهی، هیستوپاتولوژی، الکتروفیزیولوژی و ارزیابی و توانبخشی شناختی توانسته است تا حد قابل قبولی به نیاز روزافزون محققین و مراجعین پاسخگو باشد. همچنین در سال های اخیر، مرکز تحقیقات علوم اعصاب در زمینه مطالعات میدانی و کتابخانه ای مانند ثبت بیماری ها یا مرور های روایی و سیستماتیک توجه ویژه ای داشته است. علاوه بر این، در سال های اخیر با توجه به سیاست های ماموریت گرایی مراکز تحقیقاتی، محققین این مرکز تحقیقات خود را در دو زمینه بیماری های عروقی مغز و نورودژنراتیو معطوف کرده اند. بر این اساس، در سال های اخیر مدلسازی بیماری هایی همچون ایسکمی و سکته مغزی، بیماری آلزایمر و پارکینسون و انواع اختلالات شناختی در این مرکز انجام یافته است.با توجه به رشد کمی و کیفی فرآیندهای تحقیقاتی در مرکز تحقیقات علوم اعصاب، این مرکز در حال حاضر پذیرای محققین مختلف در مقاطع دکتری عمومی، کارشناسی ارشد، PhD , post - Doc و رزیدنتی می باشد، این مرکز آموزش و اجرای دوره های موفق دکتری تخصصی پژوهشی و پسا- دکتری را از سال 1390 آغاز کرده است. یکی دیگر از مهم ترین دستاورد های این مرکز انتشار مجله علمی Journal of Experimental and Clinical Neuroscience می باشد، که به صورت مداوم از سال 2014 میلادی در حال انتشار و پذیرای مقالات علمی اصیل و مروری پژوهشگران داخلی و بین المللی بوده است. با وجود محدویت های موجود، این مرکز جزو پیشگامان مراکز تحقیقاتی علوم اعصاب در کشور در ارزیابی های سالیانه بوده و امید آن می رود با همکاری های هر چه بیشتر بتواند این جایگاه را حفظ نماید.